Повечето патогенни генетични варианти крият малък риск от развитие на болест

Изследване на екип от медицинското училище към болница „Mount Sinai“ разкрива, че вероятността човек да се разболее при установен патогенен генетичен вариант е сравнително малка.

Положителен резултат за „патогенен генетичен вариант“ не означава, че със сигурност ще се разболеем. За лекарите, които трябва да дадат ясен отговор на пациента, е изключително трудно да изчислят какъв е рискът – 10%, 50% или 100%. Всъщност направеният генетичен тест само показва, че в тялото съществува ДНК последователност (секвенция), която би могла да застраши човека от определено заболяване – рак на гърдата или диабет например.

Рискът от разболяване заради открит патогенен генетичен вариант обикновено е не повече от 7%

До момента учените не са открили начин за изчисляване на риска. Ето защо експерти от медицинско училище „Icahn“ решават да анализират ДНК секвенциите и данните от електронните здравни досиета на хиляди пациенти, съхранявани в две големи биобанки. Според тях вероятността даден патогенен генетичен вариант да причини заболяване е много ниска* – около 7%.

Въпреки това те се натъкват и на няколко варианта, като този, свързан с рака на гърдата, които са опасни и могат да отключат редица болести. Публикуваното в списание „JAMA“ изследване дава надежда, че за в бъдеще здравните специалисти ще имат на разположение надеждни данни при разчитане резултатите от генетични тестове.

Рон До, доцент по генетика и геномни науки и член на института „Charles Bronfman“ към медицинското училище, споделя: „Основната цел на нашето проучване беше да предоставим на колегите статистика и количествен анализ, който да им позволи по-точно да оценят индивидуалния риск от отключване на генетично заболяване въз основа на резултатите от генетичния тест.“

През последните 20 години учените откриха стотици хиляди варианти, които вероятно причиняват болести у хората. Те обаче не дават информация за степента на опасност, свързана с всеки отделен вариант. Проведените до момента анализи са върху пациенти, в чиито семейства се наблюдава генетична обремененост, или върху малки групи доброволци от тясноспециализирани клиники. Недостатъкът при тези анализи и при всички други, които не обхващат случайно избрани хора, е, че често не са обективни и разкриват риск, по-голям от реалния.

Количествен анализ на ДНК данни и метод на изчисляване на риска

Учените от „Mount Sinai“ изследват големи масиви от данни за ДНК секвенции от 72 434 души, в търсене на 37 780 познати варианта. След това разглеждат подробно здравните им досиета, за да проверят дали са диагностицирани със заболяване, което често се предизвиква от открития в тяхната ДНК проба патогенен вариант. Мащабното проучване включва 29 039 участници от биобанка „BioMe“ на „Mount Sinai“ и други 43 395 – от биобанката на Великобритания.

Екипът работи под ръководството на Иейн Форест, който разказва повече за началото на проекта: „Идеята се зароди по време на среща с колеги. Д-р До и аз обсъдихме нуждата от по-добра система за класифициране на риска от различни заболявания. Към днешна дата вариантите се разпределят в две големи категории: патогенни и доброкачествени. Истината е, че тази твърде обща категоризация оставя много варианти непроучени. Стигнахме до извода, че биобанките са невероятна възможност да усъвършенстваме системата, защото те свързват данните от ДНК последователността с електронното здравно досие на съответния пациент.“

Първоначалните резултати показват, че 157 болести от базата данни биха могли да бъдат свързани с 5 360 варианта, определени от „ClinVar“ (архив с геномна информация) или като патогенни, или като вид мутация, наречена „loss-of-function” (загуба на функция). Оказва се, че рискът от разболяване вследствие на такъв вариант е средно 6,9%. Малка е и разликата между процентите риск при хора с патогенен вариант и такива, при които той не съществува.

Доц. До признава, че в началото е бил изненадан от откритието. Самият той е очаквал по-висок риск. Според него тепърва трябва да се търсят отговори на въпроса как да се изчислява индивидуалният риск при всеки отделен пациент.

Патогенните генетични варианти, причиняващи рак на гърдата, крият висок риск от разболяване

Все пак някои от генетичните варианти крият сериозна опасност за здравето. Например, при патогенните варианти на гените BRCA1 и BRCA2 , които могат да предизвикат рак на гърдата, рискът е 38%.

Резултатите от следващия етап на проучването доказват ползата от анализа на данните от биобанките. С помощта на индивидуалните варианти, отразени в здравните досиета, експертите установяват, че при хората над 70-годишна възраст рискът от някои нарушения, свързани с възрастта (диабет тип 2, рак на гърдата или на простатата), е 10%, докато при участниците над 20-годишна възраст той е 8%.

Екипът открива връзка между някои патогенни генетични варианти и етническата принадлежност на пациентите, като над 100 от тях например са установени в доброволци от неевропейски произход.

Според доц. До допълнителните проучвания са задължителни, но първата крачка вече е направена. Ако заключенията се потвърдят, е възможно в бъдеще лекарите да получават много по-подробна и точна информация, въз основа на която да поставят правилна диагноза.

* Forrest IS, Chaudhary K, Vy HMT, et al. Population-Based Penetrance of Deleterious Clinical Variants. JAMA. 2022.